Un fichier binaire est constitué d'une suite d'octets, chaque octet étant composé de 8 bits. La structure de ce fichier est définie par un format spécifique qui permet au système d'exploitation ou à un logiciel de l'interpréter (par exemple, un fichier contenant un logiciel pourra être exécuté, une image affichée à l'écran). Les fichiers binaires contiennent souvent un entête qui sert à identifier leur format. Cet entête comprend une signature ou nombre magique, une suite de caractères uniques permettant d'identifier la structure des autres données. Par exemple, un fichier image GIF commence par "GIF87a" ou "GIF89a", selon la version. Un fichier brut, sans entête identifiable, est simplement identifié par son extension et peut contenir des données dans un format propriétaire connu uniquement du logiciel créateur ou destinataire. L'extension ".bin" est souvent utilisée pour ces fichiers, mais ne détermine pas le contenu exact. Par exemple, un fichier .bin pour un jeu vidéo pourrait stocker des éléments comme des images ou des sons, souvent compressés ou chiffrés. Les fichiers d'empreinte mémoire (comme les fichiers ROM pour émulateurs) ne nécessitent pas de connaître la structure interne, car ils sont simplement des copies des données à conserver ou utiliser.
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